In un futuro prossimo, un improvviso innalzamento del mare ha lasciato gran parte della civiltà umana sott'acqua. Ikaruga Natsuki, un ragazzo che alcuni anni prima ha perso la madre e una gamba in un incidente, torna disilluso da una vita dura nella grande città e trova la sua vecchia casa di campagna semisommersa dal mare. Rimasto senza famiglia, tutto ciò che gli resta sono la nave e il sottomarino lasciatigli dalla nonna oceanologa e i suoi debiti. L'unica speranza di recuperare i sogni per il futuro che ha perso è quella di cogliere l'opportunità che gli viene offerta dalla esattrice Catherine. I due salpano per cercare le rovine sommerse del laboratorio della nonna, per trovare un tesoro che si dice abbia lasciato lì. Ma ciò che trovano non sono ricchezze, bensì una ragazza che giace addormentata in una bara in fondo al mare, Atri, un robot.
